Aquest espai està compost de tres unitats bàsiques clarament diferenciades, el massís del Montgrí, les Illes Medes i els aiguamolls del Baix Ter. El massís del Montgrí constitueix una unitat de relleu ben definida que separa les planes al·luvials de l'Alt i del Baix Empordà. El Montgrí presenta la singularitat de constituir una unitat orogràfica calcària situada en una extensa zona litoral diferenciada de les muntanyes veïnes (Serra de Rodes, Muntanyes de Begur), formades per materials silicis. Presenta l'interès geomorfològic i biogeogràfic de constituir un illot calcari que sobresurt al mig de la plana empordanesa. És un massís aplanat format per diversos plans inclinats cap al nord, mentre que al sud cau sobtadament sobre la plana del Baix Empordà. La façana litoral és una costa rocosa alta, amb penya-segats de gairebé 100 m d'alçada sotmesos a la forta acció dinàmica del mar. La costa està poblada per comunitats supra i mig litorals pròpies de la costa mediterrània. La superfície terrestre té una vegetació típica del litoral septentrional català, amb el predomini de la màquia i formacions arbustives mediterrànies. La fauna és típicament mediterrània, amb una clara influència dels elements litorals. La zona del Baix Ter, més coneguda com els aigüamolls del Baix Empordà, se situen entre el massís del Montgrí i les muntanyes de Begur, formats sobre la plana al·luvial originada pels sediments aportats pels rius Ter i Daró. Les característiques botàniques i zoològiques d'aquests aiguamolls són pràcticament les mateixes que les dels de l'Alt Empordà, encara que presenta algunes disparitats. El paisatge vegetal es caracteritza pel predomini de la vegetació de zones pantanoses i d'aiguamolls, amb una notable diversitat de comunitats halòfites i psammòfiles. La fauna té una gran importància, on destaca la diversitat de la població ornitològica, amb nombrosos grups d'aus pròpies de les zones humides i riberes, així com de marines. també sobresurten les poblacions de mamífers, rèptils, peixos i diversos grups de invertebrats. Espècies de flora estrictament protegides en aquest espai són: Marsilea quadrifolia, Salvinia natans, Plantago cornuti i Euphorbia palustris. Per altra banda, les illes Medes són un espai terrestre i marí, únic per les seves característiques a Catalunya i representant d’una notable diversitat del medi litoral i marí. Les Medes són unes petites illes calcàries molt pròximes al litoral (tot just a 900 m de la costa), que formen part del front d’encavalcament del Montgrí, representant una prolongació del massís en el mar. El petit arxipèlag de les Medes, de 21,5 ha de superfície, està format per set illots i algun escull, i constitueix un paisatge de gran bellesa únic a Catalunya, a causa de la gran quantitat d'ambients i espècies que s'hi troben. El que determina el valor excepcional de les Medes a la Mediterrània és el seu medi marí, on trobem paisatges d'indubtable valor com parets verticals amb comunitats de coral·ligen, praderies de posidònia, fons poc profunds dominats per algues i les coves i túnels excavats al llarg dels anys pels fenòmens naturals. Les illes presenten una dissimetria molt acusada entre els extrems est i oest. Mentre que al vessant oriental trobem penya-segats tallats en vertical que s'endinsen d'igual manera als fons marins fins a uns 50 m de fondària, l'occidental té pendents més suaus, que faciliten una accessibilitat més còmoda a l'illa. La gran diversitat de fauna submarina que es troba a les Medes forma un ecosistema complex, gràcies a l'heterogeneïtat del tipus de fons i d'ambients, que generen una gran varietat de nínxols ecològics que són ocupats per diferents espècies adaptades a aquests. En conjunt l’espai és una síntesi excepcional de la diversitat dels sistemes naturals de costa rocosa catalana i en general de la Mediterrània occidental.