Este espacio está compuesto de tres unidades básicas claramente diferenciadas, el macizo del Montgrí, las Islas Medes y los humedales del Baix Ter. El macizo del Montgrí constituye una unidad de relieve bien definida que separa las llanuras aluviales del Alto y del Bajo Ampurdán. El Montgrí presenta la singularidad de constituir una unidad orográfica caliza situada en una extensa zona litoral diferenciada de las montañas vecinas (Sierra de Rodes, Montañas de Begur), formadas por materiales silíceos. Presenta el interés geomorfológico y biogeográfico de constituir un islote calcáreo que sobresale en medio de la llanura ampurdanesa. Es un macizo aplanado formado por varios planos inclinados hacia el norte, mientras que en el sur cae repentinamente sobre la llanura del Baix Empordà. La fachada litoral es una costa rocosa alta, con acantilados de casi 100 m de altura sometidos a la fuerte acción dinámica del mar. La costa está poblada por comunidades supra y medio litorales propias de la costa mediterránea. La superficie terrestre tiene una vegetación típica del litoral septentrional catalán, con el predominio de la maquia y formaciones arbustivas mediterráneas. La fauna es típicamente mediterránea, con una clara influencia de los elementos litorales. La zona del Baix Ter, más conocida como los humedales del Baix Empordà, se sitúan entre el macizo del Montgrí y las montañas de Begur, formados sobre la llanura aluvial originada por los sedimentos aportados por los ríos Ter y Daró. Las características botánicas y zoológicas de estos humedales son prácticamente las mismas que las de los del Alt Empordà, aunque presenta algunas disparidades. El paisaje vegetal se caracteriza por el predominio de la vegetación de zonas pantanosas y de humedales, con una notable diversidad de comunidades halófitas y psamófilas. La fauna tiene una gran importancia, donde destaca la diversidad de la población ornitológica, con numerosos grupos de aves propias de las zonas húmedas y riberas, así como de marinas. también sobresalen las poblaciones de mamíferos, reptiles, peces y varios grupos de invertebrados. Especies de flora estrictamente protegidas en este espacio son: Marsilea quadrifolia, Salvinia natans, Plantago cornudos y Euphorbia palustris. Por otra parte, las islas Medas son un espacio terrestre y marino, único por sus características en Cataluña y representante de una notable diversidad del medio litoral y marino. Las Medas son unas pequeñas islas calcáreas muy próximas al litoral (apenas a 900 metros de la costa), que forman parte del frente de cabalgamiento del Montgrí, representando una prolongación del macizo en el mar. El pequeño archipiélago de las Medes, de 21,5 ha de superficie, está formado por siete islotes y algún escollo, y constituye un paisaje de gran belleza único en Cataluña, debido a la gran cantidad de ambientes y especies que se encuentran. Lo que determina el valor excepcional de las Medes en el Mediterráneo es su medio marino, donde encontramos paisajes de indudable valor como paredes verticales con comunidades de coralígeno, praderas de posidonia, fondos poco profundos dominados por algas y las cuevas y túneles excavados a lo largo de los años por los fenómenos naturales. Las islas presentan una disimetría muy acusada entre los extremos este y oeste. Mientras que en la vertiente oriental encontramos acantilados cortados en vertical que se adentran de igual manera a los fondos marinos hasta unos 50 m de profundidad, la occidental tiene pendientes más suaves, que facilitan una accesibilidad más cómoda en la isla. La gran diversidad de fauna submarina que se encuentra en las Medes forma un ecosistema complejo, gracias a la heterogeneidad del tipo de fondo y de ambientes, que generan una gran variedad de nichos ecológicos que son ocupados por diferentes especies adaptadas a estos. En conjunto el espacio es una síntesis excepcional de la diversidad de los sistemas naturales de costa rocosa catalana y en general del Mediterráneo occidental.